在深港合作共建国际性城市的过程中，金融业合作无疑将是重头戏，这一领域合作的成败或许将直接影响两地未来合作能走多远。
深圳大学教授曹龙骐认为，深港金融合作有基础、有需求、有空间，但这种合作目前只停留在一般层次，深港两地资本市场融合度偏低，在创新力、自由度、法制、金融基础设施、金融文化等方面还存有相当差距和巨大空间。香港智经研究中心主席胡定旭亦指出，除了证券市场、银行领域外，深港金融合作还有很多事情可以做，包括保险，期货等，发展空间很大。
“成为金融市场还包括很多后勤的工作。很多金融机构的总部设在香港，但其他很多方面的东西都在深圳，两者是可以一体化的”，胡定旭强调。实际上，深圳目前正在加强金融基础设施和金融生态建设，以使其成为金融数据备份、软件开发、后台业务、中介服务机构的集聚区和金融人才的培训基地，更好地承接香港金融中心部分外溢的前、后台职能；深圳亦着力打造四大金融产业发展基地，以顺应全球金融后台服务外包业迅速发展的趋势；深圳还在完善金融产业发展政策，加快金融改革创新，夯实深港金融合作基础。
可以大胆预测的是，在目前国内金融业尚未完全开放之前，深港两地有望在扩大两地货币市场合作的深度与广度上加强合作，包括试行深港两地企业之间的小额贸易采用人民币结算，开放香港母银行与深圳分行间的人民币拆借业务，逐步形成两地人民币同业的拆借市场，尝试允许深港居民可在深港两地之间有限度汇出和汇入人民币与港币等内容。
除了深港支付结算方面有新动作外，在征信和资信评估、按揭证券化、中间业务研发、黄金业务合作等方面，深港双方都有合作空间。至于在港发行人民币债券业务，以及开放香港银行办理批发性人民币现钞兑换和解运业务等，深港双方亦在积极争取中。
在资本市场方面，深圳试点内地居民直接投资港股业务成为新看点。深港资本市场亦有望寻求合作与连接，以实现跨境交易、跨境互换、双重挂牌、两地上市、联网交易、交易所产品合作开发、监管合作等。深圳方面已表示，将大力吸引香港资本市场专业人才来深创业、发展，鼓励香港资本市场经营机构将研发、培训及数据处理等后台部门迁入深圳，高层交流机制也将进一步完善。
值得注意的是，正在审议中的深圳特区金融发展促进条例草案还提出，深港两地要加强在商品期货、金融期货等衍生品市场的合作，探索共同设立石油等大宗商品期货交易所，这意味着两地金融合作深度未来将进一步加强。
深港合作大事记
2003年1月27日，皇岗口岸正式实行“24小时通关”。
2003年2月26日，香港机场管理局与深圳机场集团签订合作框架意向书，联合发展机场业务。
2004年6月，深圳市政府代表团与香港签署《加强深港合作备忘录》等“1＋8”协定。
2005年7月15日，深圳市委书记李鸿忠第一次正式提出建设“深港创新圈”。
2007年5月21日，深港两地政府共同签订《“深港创新圈”合作协议》。
2007年7月1日，实施“一地两检”深港西部通道正式开通。
2007年8月13日，香港智经研究中心公布了《建构“港深都会”研究报告》，以“共建国际大都会”为主题的第二次“港深合作论坛”在香港召开。
2007年10月15日， “深港生产力基地”揭幕，首次“深港创新及科技合作督导会议”确定七大重点发展项目。
2008年3月10日，李德成等全国政协委员在“两会”期间提出议案，要求将深港联手打造世界级大都会提升为国家战略。
2008年7月3日，广东省政府常务会议讨论通过《深圳市城市总体规划（2007－2020）》，同意“与香港共同发展的国际性城市”等深圳城市未来城市性质的表述。
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