1994年，《联合国海洋法公约》有关专属经济区的法规颁布实施，菲政府以黄岩岛位于其200海里专属经济区为理由，宣称对该岛拥有海洋管辖权，随后改称拥有主权。
1995年，菲律宾对中国修建美济礁渔业避风设施横加干扰，挑起事端。
1996年4月，菲律宾军舰把中国商船“误认”为海盗船，进行拦截，并开枪射击，打死中国人两名。
1997年4月30日，菲两位众议员搭乘海军舰艇登上黄岩岛，并在岛上竖旗立碑，对中国渔民进行拦堵和恫吓。
1997年5月，菲律宾非法拘禁中国到黄岩岛正常捕鱼作业的25名渔民52天。
1998年1月起，中国海南省四艘渔船在两个月内，相继在黄岩岛海域被菲海军拦截，51位渔民遭“非法入境”指控，被菲拘押近半年。
1998年11月9日，菲国防部长指责100多名工人在美济礁建造大型水泥兵营或码头，指责中国渐进入侵，随后事件升级，菲律宾总统下令加强海空军在美济礁附近的巡逻，防止中国船只进出南沙海域，军方获令可开枪示警。
1999年5月23日，中国一艘渔船在黄岩岛遭菲军舰追击并被撞沉，致11名渔民落水。据报道，菲海军曾使用机枪扫射。中国外交部就此向菲提出严正抗议和交涉。
1999年6月，菲教育部在新版地图中，将黄岩岛连同整个南沙群岛列入其版图。
1999年8月，菲政府将“南沙群岛是菲领土”列为修宪内容。
1999年11月，菲律宾和美国在南沙举行军事演习，并拟将南沙主权入宪，中国要求观察菲、美在南沙群岛的任何演习。
2000年1月，菲律宾军方又在南沙群岛驱赶中国渔船，中国政府严正声明，要求菲律宾立即停止对中国领土黄岩岛的一切侵犯行径。
2000年5月，菲律宾海岸警卫枪杀中国渔民，中国就菲海警枪杀我渔民向菲方提出严正交涉。菲律宾表示释放中国船员，但拒绝赔偿家属。
2001年3月，菲律宾海空军驱赶中国渔船，中国向菲方提出严正交涉，朱镕基会见菲律宾总统特使时也谈到南海问题。
2002年11月，中国与东盟各国签署了《南海各方行为宣言》，各方承诺在南海问题上保持自我克制，中菲在南海的摩擦才明显减少。
2009年1月28日和2月3日，菲律宾参众两院分别通过了将中国南沙群岛部分岛礁和黄岩岛划入菲属岛屿或领海基线的法案。2月17日，菲律宾国会通过领海基线法案。该法案将中国的黄岩岛和南沙群岛部分岛礁划为菲律宾领土。
2011年3月3日，菲律宾指责中国驱赶菲在南海礼乐滩的石油勘探船，并通过外交渠道向中国提出了外交抗议。
2011年4月，菲律宾就中国南海边界划分的“九段线”理论向联合国提出抗议，抗议中国2009年5月向联合国大陆架界限委员会提交的划界案。
2011年6月，菲律宾再次向中国提出外交抗议，称一些中国船只在南海地区卸载建材、放置浮标、竖立标杆，欲在菲律宾200海里专属经济区内建造钻井塔，认为中国的行为侵犯了菲律宾的主权，违背了2002年签署的《南海各方行为宣言》，在南海制造紧张形势。
2011年6月，菲律宾总统阿基诺三世称，菲律宾计划将南海更名为“西菲律宾海”。
2011年7月20日，5名菲律宾议员和一些菲律宾军方人士登上南沙群岛第二大岛中业岛，在岛上升起菲律宾国旗，并与非法控制该岛的菲驻军唱该国国歌。
2011年11月，菲律在东亚峰会前呼吁划定所谓的南海“争议区和非争议区”，并称要对中国更大胆。
2011年12月3日，菲律宾海军在菲律宾巴拉望岛南端靠近巴拉巴克海峡的海域，以“非法捕鱼”为名扣留了5名中国渔民。
2012年4月，中国海监船队与菲律宾军舰在南海黄岩岛海域发生对峙事件。
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